Manuel Joffre est directeur de recherche au CNRS et professeur associé à l'Ecole polytechnique. Il exerce ses activités de recherche au Laboratoire d’Optique et Biosciences, commun à l’Ecole Polytechnique, au CNRS et à l’INSERM, où il étudie la dynamique des protéines à l’aide de lasers femtosecondes infrarouges. Il enseigne la physique quantique à l’Ecole polytechnique.